生化厭氧反應分為三個階段，即厭氧消化過程分為水解發酵階段、產乙酸產氫階段、產甲烷階段三部分。

水解發酵階段和產乙酸產氫階段又可合稱為酸性發酵階段。在這個階段，污水中的復雜有機物，在酸性腐化菌或產酸菌的作用下，分解成簡單的有機物，如有機酸，醇類等，以及CO2、NH3和H2S等無機物。由于有機酸的積累，污水的pH值下降到6以下。此后，由于有機酸和含氮化合物的分解，產生碳酸鹽和氨等使酸性減退，pH值回升到6.6～6.8左右。

（1）水解酸化階段。

污水中復雜的大分子、不溶性的有機物在細胞外酶的作用下水解為小分子、溶解性有機物，然后滲入細胞體內，水解產生揮發性有機酸、醇類及醛類等。

（2）產氫產乙酸階段。

在產氫產酸菌的作用下，各種有機酸分解轉化為乙酸、氫和二氧化碳。

（3）產甲烷階段。

產甲烷菌將乙酸、氫及二氧化碳轉化為甲烷。

生化厭氧特點：

①能耗較低

因為厭氧生物處理不需要供氧，能源消耗約為好氧活性污泥法的1/10，還能產生具有較高熱值的甲烷氣（CH4）。

每去除1gCODcr可以產生0.35標準升甲烷或0.7標準升沼氣。沼氣的熱值為22.7KJ/L,甲烷的熱值為39300KJ/m3，一般天然氣的熱值為34300KJ/m3。

②污泥產量低

因為厭氧微生物的增殖速率比好氧微生物低得多，好氧生物處理系統每處理1kgCODcr產生的污泥量為0.25～0.6kg，而厭氧生物處理系統每處理1kgCODcr產生的污泥量只有0.02～0.18kg。